Tính đến hết tháng 7/2012, toàn ngành KTNN đã triển khai kiểm toán Chương trình 30a tại 14 tỉnh, chính sách 167 tại 20 tỉnh và một số bộ, ngành trung ương, một số ngân hàng thương mại, ngân hàng Chính sách; trong đó đã kết thúc kiểm toán tại 10 tỉnh thực hiện Chương trình 30a, 15 tỉnh thực hiện chính sách 167. Kết quả kiểm toán đã phát hiện ra một số sai sót, hạn chế trong quản lý, sử dụng kinh phí Chương trình (sai đối tượng, nội dung, mục tiêu; không đúng định mức…) và thực hiện các mục tiêu của chính sách.