Để đảm bảo thực hiện có hiệu quả nhiệm vụ của KTNN được hiến định trong Hiến pháp năm 2013, cũng như những quy định tại Luật KTNN (năm 2015) và Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật KTNN (năm 2019), KTNN đã và đang không ngừng hoàn thiện cơ cấu tổ chức bộ máy cho tương xứng với tầm vóc và vị thế của một thiết chế hoạt động độc lập, chỉ tuân theo pháp luật.