Kiểm toán Nhà nước khu vực XI được thành lập ngày 15/6/2011. Sau 1 năm thành lập với bộ máy ban đầu gồm 8 kiểm toán viên, điều kiện làm việc hết sức khó khăn, trụ sở, trang thiết bị vật chất ban đầu thiếu thốn, được sự quan tâm của Ban cán sự Đảng, lãnh đạo KTNN và Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh Thanh Hóa, đến nay, Kiểm toán Nhà nước khu vực XI đã đi vào hoạt động ổn định với trụ sở đặt tại Thành phố Thanh Hóa, bộ máy tương đối hoàn chỉnh.