Thực hiện Nghị quyết số 1064/NQ-UBTVQH12 ngày 29/4/2011 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc thành lập thêm 04 KTNN khu vực, 01 KTNN chuyên ngành và giao biên chế đến năm 2012 cho KTNN, ngày 17/6/2011 Tổng KTNN Vương Đình Huệ đã ký ban hành Quyết định số 767/QĐ- KTNN về việc thành lập KTNN khu vực XII và Quyết định 769/QĐ-KTNN về việc Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của KTNN khu vực XII.