Việc Kiểm toán nhà nước (KTNN) tham gia ý kiến về dự toán ngân sách nhà nước (NSNN) và phương án phân bổ ngân sách trung ương (NSTƯ) còn gặp một số thách thức. Để ý kiến của KTNN có chất lượng hơn, trở thành nguồn thông tin quan trọng, tin cậy, giúp Chính phủ, Quốc hội, hội đồng nhân dân xem xét, quyết định dự toán ngân sách hằng năm, phương án phân bổ ngân sách và quyết định các công trình, dự án quan trọng, cần hoàn thiện một số giải pháp.